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19世紀のロンドン。名探偵シャーロック・ホームズは街を恐怖に陥れる連続殺人鬼、切り裂きジャック(通称リッパー)を追っていた。そんな彼を嘲笑うかのように、リッパーはホームズの助手ワトソンに重傷を負わせ、姿をくらましてしまう。ホームズは残された手がかりを頼りに単身ロシアへ渡る。
ロシア人医師カルツェフの協力を得たホームズが警戒を強める中、新たな犠牲者が出てしまう。自分を責めるホームズだったが、カルツェフの言葉で捜査に戻ることに。事件の鍵を握ると思われる女ソフィヤから強力な手がかりを得たホームズは、ついに犯人と対決の時を迎えると思われたが…。
リッパー事件を解決したホームズはロシアに別れを告げようとしていた。そんな時、アントンという青年が捜査の依頼に訪ねて来る。両親と弟が謎の死を遂げたと言うのだ。興味を引かれたホームズは帰国を延ばし現場へ向かうが、そこで目にしたのは体中の血液を抜かれ顔に笑みを浮かべた遺体だった。
手がかりを頼りに専門家の助言を求めたホームズは、ケレという北方の悪霊の存在を知る。そんな時、第2の事件が発生。狙われたのは第1の事件で死んだスヴィリードフの知り合いだった。事件の鍵が北方にあると考えたホームズだったが、警察幹部のズナーメンスキーが逮捕したのは意外な人物だった。
人気女優のアーラが自宅アパートから転落して死亡した。自殺とする警察の判断に納得できない友人のソフィヤは帰国直前のホームズを訪ね、アーラは殺されたのだと主張、犯人を見つけるよう依頼する。現場で複数の足跡を見つけたホームズらは、遺体を検分するために葬儀が行われている墓地へ急行し…。
アーラの部屋に残っていた香りを手がかりにホームズがたどり着いたのは、意外な人物だった。一方、ホームズをかばって負傷したカルツェフは、バフメーチェフ教授のもとで療養していた。そんな時、施設の子供が行方不明になる。必死で捜すホームズは敷地内で恐ろしい光景を目にする。
マヌイーロワ夫人の知人から奇妙な相談を受けたホームズは、カルツェフとともに張り込みを行った先で怪しい2人組の男の襲撃を受ける。彼らの狙いを探ったホームズは、皇帝の身に危険が迫っていることを知り、暗殺計画を阻止すべく宮殿へ急ぐ。だが逆にホームズが暗殺未遂犯として捕らえられて・・・
バフメーチェフの協力を得たホームズだったが、カットと名乗る謎の人物による連続殺人の被害者は増えるばかりだった。事件を止められないことを理由に捜査を外されたホームズは、カルツェフと独自に調べを進める。そして被害者たちの共通点を探るうちに、ある娼館へたどり着く。